企业在厂房拆迁过程中可以通过以下方式保护自身合法权益：
了解拆迁政策与法规1：详细研究当地拆迁政策法规，明确拆迁补偿标准、范围等规定，如土地补偿、厂房建筑补偿、设备搬迁补偿等方面的政策依据，同时核查拆迁程序是否合法，包括拆迁公告发布、评估机构选定等环节。
完善相关证照：审查企业自身合法性，确保土地使用合法，不存在违章建筑问题，相关证照齐全，对于缺失或需要补办的证照，应尽快收集或补办。
全面收集证据2：收集厂房相关的产权证明、土地使用证等证件，保存厂房内设备、存货等的清单、价值凭证、照片或视频等资料，记录拆迁过程中拆迁方的行为、双方的沟通情况等，为计算补偿提供依据。
委托专业评估3：委托具备资质的专业评估机构对厂房进行价值评估，评估应涵盖厂房的建筑结构、占地面积、设备设施等方面的价值，以确定合理的补偿金额。
积极协商谈判2：以收集的证据和政策法规为依据，与拆迁方进行理性的协商谈判，争取合理的补偿。如果自己不熟悉相关谈判技巧，可以聘请专业的律师或有经验的人士协助。
关注租赁合同约定5：如果厂房是租赁的，查看租赁合同中是否有关于拆迁补偿分配等相关条款。如果有明确约定，按照合同约定主张自己的权益。
及时采取法律措施1：如果认为拆迁行为不合法，如拆迁程序违规或者补偿不合理，可以向上级行政机关申请行政复议或者向人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。
此外，企业还可以咨询专业律师，获得专业的法律意见和维权策略，在整个拆迁过程中，企业要保持冷静，理性应对，避免采取过激行为，以免给自己带来不必要的损失。
