拆迁补偿协议的签订主体会因拆迁项目的性质不同而有所差异，以下为你详细介绍：
国有土地上房屋拆迁
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。所以，在国有土地上房屋拆迁中，拆迁补偿协议由房屋征收部门与被征收人签订。
被征收人：一般是房屋所有权人。如果房屋存在共有情况，所有共有人都应参与协议签订。例如，夫妻共同拥有一套房产，在拆迁时，夫妻双方都要作为被征收人在协议上签字。
房屋征收部门：在实际操作中，可能是当地政府设立的专门负责房屋征收的办公室、住房和城乡建设局等相关部门。
集体土地上房屋拆迁
集体土地上房屋拆迁的情况相对复杂，签订主体可能有以下几种：
拆迁人与被拆迁人：这里的拆迁人可能是政府部门、具有相关资质的开发建设单位等。被拆迁人通常是宅基地使用权人或房屋所有权人。比如在一些新农村建设项目中，由村委会代表拆迁人（可能是经过授权的开发主体）与村民（被拆迁人）签订补偿协议。
拆迁实施单位受委托签订：有时候，政府会委托拆迁实施单位来具体负责拆迁补偿协议的签订工作。拆迁实施单位必须在委托范围内，以委托方的名义与被拆迁人签订协议。委托方要对拆迁实施单位的行为负责。
