拆迁补偿协议通常与以下主体签订，具体取决于拆迁项目的性质和实施主体：
国有土地上房屋征收
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。所以，在国有土地上房屋征收项目中，拆迁补偿协议是由房屋征收部门与被征收人签订。
例如，某市政府为了进行城市基础设施建设，决定征收某片国有土地上的房屋。市政府确定了当地的住房和城乡建设局作为房屋征收部门，那么住房和城乡建设局就会代表政府与被征收房屋的所有权人签订拆迁补偿协议。
集体土地征收
村集体土地被征收用于公共利益项目
一般由县级以上地方人民政府土地行政主管部门（通常是自然资源局）或其委托的相关机构与被拆迁人（包括土地承包经营权人、宅基地使用权人等）签订拆迁补偿协议。
比如，为了建设高速公路，县级政府的自然资源局会根据相关程序，与涉及到土地被征收的村集体成员就土地补偿、地上附着物及青苗补偿等内容签订协议。
村集体自行组织的拆迁改造
这种情况下，可能是村集体经济组织（如村委会）与村民签订相关的补偿协议。
例如，某个城中村为了进行改造升级，经村民大会决议通过改造方案后，村委会代表村集体与村民就房屋拆迁补偿、安置等事项签订协议。
商业拆迁
在商业开发项目中，通常是房地产开发企业等建设单位与被拆迁人签订拆迁补偿协议。不过，这种商业拆迁也需要在符合相关法律法规和政策的前提下进行。比如，某房地产开发公司要开发一个商业综合体项目，需要拆除一片旧城区的房屋，该公司就会与被拆迁房屋的业主协商并签订拆迁补偿协议。
